{"id":174,"date":"2011-05-18T07:16:50","date_gmt":"2011-05-18T07:16:50","guid":{"rendered":"http:\/\/servicios.unileon.es\/lti-ir\/?page_id=174"},"modified":"2011-05-18T07:16:50","modified_gmt":"2011-05-18T07:16:50","slug":"ribotipado-de-especies-bacterianas","status":"publish","type":"page","link":"https:\/\/servicios.unileon.es\/lti-ir\/lti\/area-de-analisis-de-acidos-nucleicos\/ribotipado-de-especies-bacterianas\/","title":{"rendered":"Ribotipado de especies bacterianas"},"content":{"rendered":"<h3>La t\u00e9cnica de Ribotipado<\/h3>\n<p>El Ribotipado es un m\u00e9todo que permite identificar y clasificar bacterias en funci\u00f3n del los genes del RNA ribosomal.<\/p>\n<p>Los genes del rRNA se encuentran dentro de las regiones mejor conservadas del genoma bacteriano. Existen varias copias de genes para el rRNA en cada c\u00e9lula y su n\u00famero y localizaci\u00f3n espec\u00edfica en el cromosoma var\u00edan seg\u00fan las especies. Por tanto, los patrones de bandas (su n\u00famero, tama\u00f1o e intensidad) del DNA cromos\u00f3mico digerido e hibridado con sondas marcadas para los genes rRNA son espec\u00edficos de cada cepa bacteriana, por lo que pueden ser utilizados para reflejar diferencias a nivel de especies y subespecies, es decir, para identificar y caracterizar bacterias al comparar dichos patrones con los obtenidos a partir de bacterias conocidas.<\/p>\n<p><img decoding=\"async\" src=\"http:\/\/www.unileon.es\/ficheros\/investigacion\/ltiir\/image001.png\" alt=\"Patr\u00f3n de ribotipado generado por la enzima de restricci\u00f3n EcoR1 de un operon de RNA ribosomal\" \/> <\/p>\n<p>La t\u00e9cnica del Ribotipado consiste en los siguientes procesos:<\/p>\n<ol>\n<li>Extracci\u00f3n y digesti\u00f3n del DNA a partir de una colonia bacteriana en placa.<\/li>\n<li>Separaci\u00f3n mediante electroforesis de los fragmentos de DNA.<\/li>\n<li>Transferencia de los fragmentos separados a una membrana de Nylon.<\/li>\n<li>Hibridaci\u00f3n con una sonda del oper\u00f3n rRNA de E. coli marcada qu\u00edmicamente.<\/li>\n<li>Adici\u00f3n de un conjugado enzima-anticuerpo que se une al marcaje de la sonda.<\/li>\n<li>Detecci\u00f3n de las bandas mediante quimioluminiscencia.<\/li>\n<li>An\u00e1lisis y comparaci\u00f3n de las bandas frente a una base de datos, lo que permite la caracterizaci\u00f3n y presunta identificaci\u00f3n de la cepa bacteriana.<\/li>\n<\/ol>\n<p>&nbsp;<\/p>\n<h3>El Riboprinter<\/h3>\n<p>Si se realiza de forma manual, la t\u00e9cnica de Ribotipado es larga y tediosa y podr\u00eda llevarle a un operador experimentado unos dos d\u00edas de trabajo. La adquisici\u00f3n por parte del Laboratorio de T\u00e9cnicas Instrumentales del equipo &ldquo;RiboprinterTM Microbial Chracterization System&rdquo; ha permitido la total automatizaci\u00f3n del proceso con el consiguiente ahorro de tiempo, ausencia de errores de manipulaci\u00f3n y una mayor capacidad de procesamiento de muestras: el equipo permite analizar hasta 48 muestras\/d\u00eda en bloques de 8 muestras cada 2 horas (el proceso total para cada bloque de 8 muestras lleva 8 horas, sin embargo, el equipo es modular, lo que permite iniciar un nuevo proceso sin haber completado el anterior, admitiendo bloques de 8 muestras cada dos horas).<\/p>\n<p>Los 7 procesos de la t\u00e9cnica de Ribotipado descritos anteriormente se realizan de manera totalmente autom\u00e1tica. El gel de agarosa donde se realiza la electroforesis consta de 13 pocillos, 8 para las muestras y 5 para marcadores de tama\u00f1o conocido. El software del Riboprinter usa la posici\u00f3n e intensidad de estos marcadores conocidos para normalizar el resto de bandas de la membrana permitiendo corregir y compensar las variaciones entre l\u00edneas y entre membranas, estandarizando el proceso y haciendo f\u00e1cilmente comparables los resultados intra e inter laboratorios.<\/p>\n<p>El patr\u00f3n de bandas obtenido para cada muestra consistir\u00e1 en una serie de bandas discretas de mayor o menor intensidad, a manera de &ldquo;huella dactilar g\u00e9nica&rdquo; o c\u00f3digo de barras&rdquo;.<\/p>\n<p><img decoding=\"async\" src=\"http:\/\/www.unileon.es\/ficheros\/investigacion\/ltiir\/image003.png\" alt=\"Patr\u00f3n obtenido con el RiboprinterTM Microbial Chracterization System\" \/><\/p>\n<p>El sistema comparar\u00e1 estas bandas con las obtenidas previamente, bien de microorganismos conocidos o bien de muestras desconocidas pero ya procesadas con anterioridad. Como resultado de esa comparaci\u00f3n el software podra caracterizar la bacteria (agrup\u00e1ndola dentro de un &ldquo;Ribogrupo&rdquo; de bacterias con disposici\u00f3n de bandas muy similares o creando un nuevo &ldquo;Ribogrupo&rdquo; si la disposici\u00f3n de bandas es diferente a cualquiera de las procesadas hasta ese momento) y\/o identificar a la bacteria comparando sus bandas con las de est\u00e1ndares conocidos presentes en bases de datos.<\/p>\n<p>&nbsp;<\/p>\n<h3>Aplicaciones<\/h3>\n<p>Cualquier aplicaci\u00f3n derivada de la identificaci\u00f3n y\/o caracterizaci\u00f3n bacteriana, con la importante utilidad que esto puede tener en las empresas dedicadas al campo de la alimentaci\u00f3n, de la salud y de la investigaci\u00f3n.<\/p>\n<p>La t\u00e9cnica de Ribotipado mediante el Riboprinter es una herramienta anal\u00edtica que consigue unos niveles de informaci\u00f3n no alcanzables con los m\u00e9todos microbiol\u00f3gicos cl\u00e1sicos. Por ejemplo, la t\u00e9cnica permite distinguir 40 cepas diferentes de L. monocytogenes mientras que s\u00f3lo se diferencian 13 por serotipado convencional. El nivel de informaci\u00f3n obtenido es, pues, muy superior, lo que permite el an\u00e1lisis y resoluci\u00f3n de problemas dif\u00edcilmente abordables por m\u00e9todos m\u00e1s convencionales.<\/p>\n<p>Especialmente interesante se revela esta t\u00e9cnica en el control microbiol\u00f3gico de los procesos en la industria alimentaria en donde la contaminaci\u00f3n bacteriana puede proceder de cualquiera de los ingredientes, del ambiente o de las personas implicadas en la producci\u00f3n. El Ribotipado permitir\u00eda establecer relaciones inequ\u00edvocas entre los aislados bacterianos recuperados de estas fuentes y el producto procesado.<\/p>\n<p>En cuanto al campo de la Salud, la rapidez y fiabilidad en la identificaci\u00f3n bacteriana de esta t\u00e9cnica la hacen muy adecuada para la r\u00e1pida identificaci\u00f3n de las fuentes de infecci\u00f3n en hospitales, lo que posibilitar\u00eda tomar las medidas preventivas y paliativas m\u00e1s adecuadas en cada caso.<\/p>\n<p>La potencialidad de la t\u00e9cnica es tambi\u00e9n muy elevada en el campo de la medicina animal, as\u00ed como en el mundo de la investigaci\u00f3n b\u00e1sica y aplicada.<\/p>\n<p>&nbsp;<\/p>\n<h3>Solicitud de An\u00e1lisis y Requisitos de las Muestras<\/h3>\n<p>Los usuarios que deseen solicitar el an\u00e1lisis deber\u00e1n rellenar el <a href=\"http:\/\/www.unileon.es\/ficheros\/investigacion\/ltiir\/formulario_ribotipado.doc\">&ldquo;Formulario de Solicitud de Ribotipado&rdquo;<\/a>. <\/p>\n<ol>\n<li>Actualmente el Riboprinter s\u00f3lo es aplicable a bacterias, no a hongos o levaduras.<\/li>\n<li>Los cultivos bacterianos deben traerse en placas y ser lo m\u00e1s recientes posibles (lo ideal ser\u00eda que se recogiesen el mismo d\u00eda en que se entreguen al Servicio). Es necesario contactar previamente con el personal del Laboratorio para iniciar el proceso nada m\u00e1s recibir las placas.<\/li>\n<li>Si se trata de una bacteria que forme esporas, las placas deben ser entregadas antes del proceso de esporulaci\u00f3n.<\/li>\n<li>El usuario debe indicar al Servicio si se trata de bacterias Gram + o Gram -, pues el tratamiento de lisis es diferente.<\/li>\n<li>El usuario debe indicar al Servicio si se trata o no de bacterias l\u00e1cticas o de Actinomicetos ya que en estos casos el procedimiento es ligeramente diferente.<\/li>\n<li>Se deber\u00e1 tambi\u00e9n suministrar al Servicio toda la informaci\u00f3n previa disponible sobre la identificaci\u00f3n de la bacteria que se va a ribotipar.<\/li>\n<li>Se deber\u00e1 indicar al Servicio la enzima con la que se desea hacer la digesti\u00f3n del DNA. Actualmente el Servicio dispone de kits de ribotipado para la enzima EcoRI.<\/li>\n<\/ol>\n<p>&nbsp;<\/p>\n<h3>Tarifas<\/h3>\n<p>Para los usuarios de la Universidad de Le\u00f3n <strong>60 &euro;<\/strong> por ribotipado.<br \/>Para otros Organismos P\u00fablicos: <strong>75 &euro;<\/strong> por ribotipado.<br \/>Para Empresas o Particulares: <strong>90 &euro;<\/strong> por ribotipado.<\/p>\n<p>&nbsp;<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>La t\u00e9cnica de Ribotipado El Ribotipado es un m\u00e9todo que permite identificar y clasificar bacterias en funci\u00f3n del los genes del RNA ribosomal. Los genes del rRNA se encuentran dentro de las regiones mejor conservadas del genoma bacteriano. 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