Identificación bacteriana

La secuencia del gen del ARN 16S presenta regiones altamente conservadas pero contiene también variaciones que se concentran en zonas específicas; por ello es considerado como el marcador inicial y en muchas ocasiones suficiente para generar una identificación precisa. En otros casos, debido a la alta homología genética presente en determinados géneros bacterianos, hay que recurrir a otros genes diana (consultar).

Así pues, utilizando cebadores que hibriden en las zonas conservadas podemos amplificar por PCR los fragmentos variables y mediante la comparación de la secuencia obtenida con las bases de datos disponibles le podemos asignar la especie o al menos el género.

 

Identificación de hongos

Para la identificación taxonómica de hongos utilizamos la secuencia de las regiones ITS (Internal Target Spacer). Utilizando cebadores que hibriden en las zonas conservadas podemos amplificar por PCR la región que incluye ITS1, el gen del ARN 5,8S e ITS2 y mediante la comparación de la secuencia obtenida con las bases de datos disponibles le podemos asignar la especie o al menos el género.

 

Identificación de levaduras

En el caso de las Levaduras para su identificación taxonómica recurriremos a la secuenciación de la región D1/D2 del gen del ARN 28S. Nuevamente, utilizando cebadores que hibriden en las zonas conservadas, podemos amplificar por PCR dicha región y mediante la comparación de la secuencia obtenida con las bases de datos disponibles le podemos asignar la especie o al menos el género.